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                 • • •  revue d'art en ligne : arts médiatiques & cyberculture


 

Pascal Barbry

 

Texte

Génomique et transcriptomique, une histoire en train de s’écrire

 

Notice biographique

Pascal Barbry est directeur de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire, Unité Mixte de Recherche (CNRS etUNS), situé sur le Site de Sophia-Antipolis. L'IMPC a un effectif de 156 personnes composé de 81 chercheurs 52 ingénieurs, techniciens, administratifs et 23 étudiants, répartis sur 17 équipes de recherche. Les activités de l'équipe « Physiologie Génomique des Eucaryotes » de Pascal Barbry portent sur la « transcriptomique expérimentale » et les développements méthodologiques autour des puces à ADN produites par une plate-forme et des outils de fouille de données associés. La plate-forme, identifiée par le Réseau National des Génopoles, le RIO (Réunion Inter Organismes, qui regroupe le CEA, le CNRS, l'INRA et l'INSERM), et la Canceropôle PACA , a été certifiée ISO9001 version 2000 pour la fabrication et l'hybridation de puces à ADN en juin 2006. Elle procède aussi à la fabrication de puces pangénomiques et a élaboré une puce comportant l'ensemble des séquences connues de miRNA matures, toutes espèces confondues (~1500 séquences distinctes, couvrant l'ensemble des séquences matures de miRNA. Toute l'information associée à ces sondes est accessible librement sur une base de données baptisée Mediante . Par l'analyse de profils d'expression génique, nouvel outil d'étude du génome pour déchiffrer la diversité biologique et clinique des pathologies, l'équipe de P. Barbry, fournit un cadre au diagnostic moléculaire des cancers hématologiques44. L'obtention d'une quantité importante d'informations dans le cadre de ses approches transcriptomiques a rendu nécessaire la mise en place d'outils de fouille de données. Cette approche s'appuie sur les technologies du web sémantique pour extraire des connaissances à partir de documents textuels fournis par les utilisateurs, en se basant sur des ontologies existantes ou des annotations sémantiques d'articles scientifiques.

 

 


 

Cette publication a été rendue possible grâce au soutien financier d'Hexagram, du groupe de recherche des arts médiatiques (GRAM), de la Faculté des arts de l'UQAM, de la Chaire du Canada en esthétique et poétique de l'UQÀM (CEP), ainsi qu'à une subvention, pour une douzième année consécutive, du Conseil des arts du Canada (CAC).

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